施肥是綜合管理中的重要環節。肥效的充分發揮與土壤和水分有關，只有良好的土壤結構和理化性狀才能促進微生物的活動加速養分分解，促進根系吸收。肥料的分解、養分的吸收、運轉、合成和利用，又必須在水的參與下進行，所以施肥必須結合灌水肥效才會充分發揮。另外，施肥是維持土壤肥力，滿足果樹生長發育所需營養元素的重要措施，施肥的種類、數量、方法和時期都會影響施肥效果。生產上應根據其營養特性和營養豐虧的情況，科學施肥。火龍果花期持續時間長，營養消耗較大。因此，對肥料的需求量較大，特別是進入盛產期，更應加強對肥水的管理。

確定合理的施肥量，主要從樹體本身的消耗、土壤的供給能力以及肥料的利用率來考慮，才較科學；一般通過葉片營養分析來判斷營養的盈虧，再通過施肥來加以調整。火龍果的施肥以有機肥為主，配以少量的化肥。農家肥部分，按照雞糞、豬糞、花生麩1：2：7的比例，每667平方米使用量大約9立方米／年(根據土壤肥力情況和苗木生長量來定)，另外，還要根據需要追施氮肥和磷酸二氫鉀，缺素時還要適量添加微量肥。試驗研究結果表明，最適期施用肥料，可減少施肥次數，提高肥料利用率。高溫多雨的地區，多次薄施，可提高肥料的利用率。火龍果可以每年7、10月及翌年3月施肥3次，各施牛糞堆肥1.2千克／株及復合肥200克／株。國外的田間試驗表明，氮肥的施用一般有連續的增產效果，磷肥的增產效果則表現在頭兩年，鉀肥和微量元素(B，Cu，Zn，Mn)在后期對產量的增加有較好的效果。優質高產栽培推薦火龍果施肥量為第一年施氮80千克／公頃；第二、三年每年施五氧化二磷20千克／公頃；第三年施氧化鉀10千克／公頃，5千克硼／公頃，銅、鋅和鉬各10千克／公頃。