錦鯉稚魚長到一定階段時，必須從批量的群體中進行篩選。為了做好篩選工作，錦鯉稚魚池的面積以2000平方米（3.0畝）左右為宜；因篩選工作是在盛夏，所以要選擇在早晨進行，最遲也要在上午10:00以前完成，否則會因水溫上升而引起意外損傷。進行拉網(wǎng)和篩選操作的前一天，應給池塘排水，降低水位。

昭和三色在孵化后7～15天就可以從“黑仔”（體長約1厘米左右）中予以篩選；大正三色在培育過程中會呈現(xiàn)墨黑色，有的雖是淡墨，但如果緋花紋較好者在篩選時還是以保留為宜。紅白或大正三色等大約在孵化后40～60天可以做第一次篩選；有的在秋季時雖然呈現(xiàn)為淡墨，但到了立春時會變成艷墨；也有的要到2～3齡時才能變?yōu)闉鹾冢蛘呔p紅變得更為鮮艷。篩選工作要掌握各種錦鯉的遺傳特征，而篩選的準則是以育成何種質(zhì)量的鯉魚來定位的。在第一次篩選中，凡是帶有其品種遺傳特征者，都要予以保留。之后，約經(jīng)過20天，再做第二次篩選工作，按不同品種和規(guī)格分池放養(yǎng)，以提高錦鯉的成活率。