錦鯉疾病的治療方法主要有口服法、藥浴法、涂沫法、注射法及手術治療法。

1．口服法將藥劑混合于飼料中投喂的治療方法，主要治療營養失調及細菌性疾病與魚體內部疾病。常用藥品為營養素、磺胺類、抗生素等。首先將藥劑溶于水，使之滲透到粒狀飼料中或混合揉捏后投喂發病的錦鯉。2．藥浴法主要是驅除魚體體表寄生蟲及治療細菌性的外部疾病，也可利用鰓或皮膚組織的吸收作用治療細菌性的內部疾病。短時間藥浴時使用藥物濃度高，常用藥物為敵百蟲、高錳酸鉀等；長時間藥浴則用食鹽水、高錳酸鉀、福爾馬林、抗生素等。藥劑計量必須精確，如濃度不夠則不能有效地殺滅病菌，而濃度過高則易對魚體造成毒害，甚至死亡。3．涂抹法以高濃度的藥劑涂抹局部，主要治療外傷及魚體體表的疾病，常用藥物為碘酒、高錳酸鉀等。涂抹前必須先將魚體患處清理干凈后施藥。4．注射法對各類細菌性疾病采用注射抗生素的治療方法，常采取肌肉內注射或腹腔內注射，對魚體吸收藥物更為有效、直接。需要注意的是：魚體發病較重時，常同時采取多種治療方法，如同時口服和藥浴，或注射抗生素。